### 研究标题：一种新的干性相关lncRNA特征可预测透明细胞肾细胞癌的预后、免疫浸润和药物敏感性

#### 出版信息：Journal of Translational Medicine, 影响因子：7.5，发表时间：2025年2月27日

#### 研究背景

透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是一种常见的泌尿生殖系统恶性肿瘤，具有明显的异质性。研究表明，干性是影响肿瘤进展、复发和转移的重要因素，但其在ccRCC中的具体预后影响仍不明确。长非编码RNA（lncRNA）能够调控基因表达，其在ccRCC的增殖和凋亡等生物过程中的作用亟需深入探讨。然而，干性相关lncRNA（SRlncRNA）在ccRCC中的表达及功能尚不清晰。

#### 研究目的和方法

本研究旨在探讨ccRCC中的SRlncRNA，并构建用于风险分层和预后预测的特征。研究依托TCGA和GEO数据库，下载相关基因表达和临床数据，并计算样本的RNA干性得分（RNAss）。通过加权相关网络分析（WGCNA），识别与RNAss高相关的SRlncRNA及干性相关mRNA（SRmRNA），进一步进行功能富集分析。研究者借助多种机器学习算法构建预后特征，并在TCGA-KIRC和GSE29609队列中进行训练和验证，分析其在预后、免疫浸润、药物敏感性及基因集富集分析（GSEA）中的应用。此外，研究者还开发了一个基于网络的计算工具，方便临床应用，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）以及体外和体内实验对SRlncRNA的表达和作用进行进一步验证。

#### 研究结果

使用RNA干细胞评分（RNAss）及WGCNA，在TCGA-KIRC队列中构建共表达网络，并识别出与RNAss相关性最高的模块，共筛选出452个干性相关lncRNA。在这些lncRNA中，通过基因本体论（GO）分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析，确定了DEGs的富集生物过程及相关通路。

通过101种算法组合及留一法交叉验证（LOOCV），筛选得出最优预后模型，最终纳入10个SRlncRNA。将患者划分为高、低风险组后发现，高风险组的预后显著更差。此外，基于GSE29609队列的数据验证了该预后特征的有效性，显示高风险组患者生存期明显缩短。

在药物敏感性预测方面，低风险组对卡鲁胺和拉帕替尼等药物显著敏感，而高风险组则对其他JNK抑制剂表现敏感。此外，突变分析显示，VHL、PBRM1等基因在高风险组中突变频率更高，肿瘤突变负荷（TMB）也显著上升。

#### 结论

本研究构建了第一个ccRCC干性相关的lncRNA特征集，对预后、免疫浸润和药物敏感性具有预测价值。其中，EMX2OS和LINC00944通过调控细胞增殖与迁移等过程，与肿瘤进展密切相关，为ccRCC的精准治疗提供了新的靶点。

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